Même si la répression versaillaise, consécutive à l’écrasement de la Commune de Paris, avait, pour un temps, anéanti la combativité républicaine, l’aveuglement du parti de l’Ordre moral devait redonner son élan au combat en faveur d’une laïcisation des institutions, dont le programme de Belleville inspiré par Gambetta avait fait, dès 1869, l’un des axes majeurs du discours radical. Si Gambetta, fut le premier donner le départ de la reconquête républicaine, c’est le nom de Ferry qui reste attaché à la confection, à partir de 1879, d’un véritable manteau d’arlequin législatif, qui constitue le socle du système éducatif français. Tous les degrés d’enseignement furent concernés. Dans l’enseignement supérieur, la loi du 18 mars 1880, interdit aux établissements privés de prendre le titre d’Université. L’État retrouve le monopole de la collation des grades universitaires. Dans le secondaire la loi du 21 décembre 1880, crée un enseignement pour les jeunes filles. C’est cependant l’enseignement primaire, celui qui alphabétise et aide les hommes à devenir citoyens, qui retiendra l’essentiel de l’attention et des efforts de Jules Ferry. La loi du 16 juin 1881 instaure une gratuité totale, complétée, par la loi du 28 mars 1882, de l’obligation de scolariser les enfants. Ensuite, et surtout, est introduite une laïcisation des programmes qui se traduit par la suppression de l’enseignement du catéchisme. Enfin, la loi du 30 octobre 1886, impose, dans les écoles publiques, la présence d’un personnel enseignant exclusivement laïque. Le divorce, un temps supprimé en 1816, est rétabli en 1884. La liberté des funérailles est instaurée par une loi de 1887. En 1889, le Parlement décide de soumettre les séminaristes à un service militaire de un an. Dans un cadre plus local, les conseils municipaux prolongent l’application de la législation nationale en contribuant à la création d’écoles publiques et en organisant le remplacement progressif des religieuses par des infirmières laïques au sein des hôpitaux. Dans le même temps, la liberté des cultes est réaffirmée, mais avec un statut qui ne devait plus la doter de privilèges ou de contraintes supérieures à celles des autres convictions. C’est ce souci de mise en place d’un droit commun des modes d’expression collectifs des convictions qui devait conduire à l’adoption de la loi de 1901 organisant la liberté d’association et définissant le régime des congrégations, désormais soumises à autorisation. Le silence conservé à leur sujet par le Concordat, prenait fin. C’est l’aveuglement contre-révolutionnaire de la hiérarchie catholique et la position clairement antirépublicaine d’un certain nombre de congrégations religieuses qui devaient rendre la séparation inéluctable. L’attitude adoptée par les assomptionnistes au cours de l’ «Affaire Dreyfus », au côté des forces antisémites et hostiles à la République, plus largement l’attitude de combat que l’Église adoptait à l’égard des mesures de laïcisation de l’enseignement, imposaient que soit mis en place un encadrement juridiques des congrégations religieuses, ce que fit la loi du 1er juillet 1901 sur la liberté d’association. Les polémiques suscitées par l’application du texte jointes à d’autres sujets de discorde, devaient aboutir à la rupture des relations diplomatiques entre le Vatican et la France et au constat, corrélatif, de la caducité du Concordat. La voie était ouverte pour une véritable séparation entre les Églises et l’État, ce que réalisera la loi du 9 décembre 1905. Cette dernière, après avoir proclamé la liberté de conscience et d’exercice du culte, précise, en son article 2, que « la République ne reconnaît, ne salarie, ni ne subventionne aucun culte ». Plus de cultes reconnus disposant d’un statut de service public, plus de privilèges au bénéfice de telle ou telle Église, mais l’affirmation d’un principe d’égalité pour toutes devant la loi, assortie d’une égale soumission aux exigences de l’ordre public. Admise par les cultes minoritaires, mais violemment condamnée par l’Église catholique, cette loi sera, progressivement, l’objet d’une acceptation généralisée. Lorsque en 1946, le principe de laïcité acquiert une valeur constitutionnelle, à l’exception de quelques nostalgiques du combat antirépublicain, l’ensemble des forces politiques, sociales et religieuses, considèrent cette consécration comme naturelle.